Entraîné par Zorglub et Champignac, Spirou va tenter de remonter le cours du passé, afin de sauver l’amie des deux savants, Miss Flanner. De l’Afrique à la Palombie, Spirou va revivre le fil de ses aventures pour parvenir enfin à l’époque où Zorglub, Champignac et Miss Flanner étaient alors trois étudiants scientifiques sacrément doués mais terriblement dangereux. Il devra empêcher le pire de se produire dans le passé afin de sauver, aujourd’hui, celle qui n’a cessé de diviser les deux hommes, chacun réclamant les faveurs de la belle et jeune scientifique. Et si le passé n’était pas celui qu’on connaît ? Si Spirou n’avait pas vraiment la vie qu’on lui connaît ? L’effet-papillon a des répercussions sous-jacentes tellement fortes que Spirou se retrouve aux prises avec lui-même et son histoire. La vérité n’est pas toujours celle qu’on croit...

Nous retrouvons Spirou, Fantasio et Spip à Edo, capitale du Pays du Soleil Levant, de 1603 à 1864. Paradoxe temporel ? Voyage dans le temps ? Rien de tout ça : nos trois amis sont tout simplement invités à la prestigieuse inauguration de "Edo-resort", un gigantesque parc d’attractions qui reconstitue très fidèlement la vie du Japon médiéval. Mais Spirou et ses compagnons ne sont pas là pour le plaisir. Ils sont venus en Extrême-Orient à la demande de leur ami magicien, Itoh Kata, qui leur a confié une mission spéciale : récupérer deux enfants aux pouvoirs paranormaux étonnants qui sont détenus par Mangakana, un redoutable gangster aux ambitions immobilières troubles. Une course-poursuite va mener nos trois héros d’Akihabara, le quartier électronique, à Giza, celui des spectacles, en passant par Shinjuku, le territoire des redoutables yakuza, pour une visite guidée particulièrement mouvementée.